İstanbul Marmaray hattında bulunan tüm duraklar ve Gebze'den itibaren her durağa ulaşım süreleri aşağıda listelenmiştir. Marmaray durakları arası süre ortalama 2-3 dakika olup, bazı duraklar arasında bu süre 4 dakikaya çıkabilmektedir.
1. Gebze
0 dakika
Durak süresi: 3 dakika
2. Darıca
3 dakika
Durak süresi: 2 dakika
3. Osmangazi
5 dakika
Durak süresi: 3 dakika
4. Gebze Teknik - Fatih
8 dakika
Durak süresi: 3 dakika
5. Çayırova
11 dakika
Durak süresi: 3 dakika
6. Tuzla
14 dakika
Durak süresi: 2 dakika
7. İçmeler
16 dakika
Durak süresi: 3 dakika
8. Aydıntepe
19 dakika
Durak süresi: 2 dakika
9. Güzelyalı
21 dakika
Durak süresi: 3 dakika
10. Tersane
24 dakika
Durak süresi: 3 dakika
11. Kaynarca
27 dakika
Durak süresi: 3 dakika
12. Pendik (Aktarma Durağı)
31 dakika
Durak süresi: 4 dakika
13. Yunus
32 dakika
Durak süresi: 1 dakika
14. Kartal
34 dakika
Durak süresi: 2 dakika
15. Başak
37 dakika
Durak süresi: 3 dakika
16. Atalar
40 dakika
Durak süresi: 3 dakika
17. Cevizli
42 dakika
Durak süresi: 2 dakika
18. Maltepe
45 dakika
Durak süresi: 3 dakika
19. Süreyya Plajı
48 dakika
Durak süresi: 3 dakika
20. İdealtepe
51 dakika
Durak süresi: 3 dakika
21. Küçükyalı
54 dakika
Durak süresi: 3 dakika
22. Bostancı (Aktarma Durağı)
56 dakika
Durak süresi: 2 dakika
23. Suadiye
59 dakika
Durak süresi: 3 dakika
24. Erenköy
61 dakika
Durak süresi: 2 dakika
25. Göztepe
64 dakika
Durak süresi: 3 dakika
26. Feneryolu
67 dakika
Durak süresi: 3 dakika
27. Söğütlüçeşme (Aktarma Durağı)
69 dakika
Durak süresi: 2 dakika
28. Ayrılık Çeşmesi (Aktarma Durağı)
72 dakika
Durak süresi: 3 dakika
29. Üsküdar (Aktarma Durağı)
75 dakika
Durak süresi: 3 dakika
30. Sirkeci
78 dakika
Durak süresi: 3 dakika
31. Yenikapı (Aktarma Durağı)
81 dakika
Durak süresi: 3 dakika
32. Kazlıçeşme
83 dakika
Durak süresi: 2 dakika
33. Zeytinburnu
86 dakika
Durak süresi: 3 dakika
34. Yenimahalle
88 dakika
Durak süresi: 2 dakika
35. Bakırköy (Aktarma Durağı)
91 dakika
Durak süresi: 3 dakika
36. Ataköy (Aktarma Durağı)
93 dakika
Durak süresi: 2 dakika
37. Yeşilyurt
96 dakika
Durak süresi: 3 dakika
38. Yeşilköy
98 dakika
Durak süresi: 3 dakika
39. Florya Akvaryum
101 dakika
Durak süresi: 3 dakika
40. Florya
104 dakika
Durak süresi: 3 dakika
41. Küçükçekmece (Aktarma Durağı)
107 dakika
Durak süresi: 3 dakika
42. Mustafa Kemal
110 dakika
Durak süresi: 3 dakika
43. Halkalı
113 dakika
Durak süresi: 3 dakika